女医生的秘密以维多利亚时代的伦敦为背景，讲述了一群陷入困境的街头少年被人操纵，为阴险的华生医生及其神秘的商业伙伴（难以捉摸的夏洛克·福尔摩斯）破案的故事。犯罪活动逐渐呈现出令人恐惧的超自然背景，并且出现了一股黑暗势力，这支非正规侦缉小队的成员必须团结起来，一起拯救伦敦和整个世界。