玉女心经故事发生在战国末年，荆轲将儿子荆天明（蒋劲夫 饰）托付给了天下第一剑客盖聂（陆毅 饰），希望后者能够保护自己的儿子不遭残暴的秦始皇的毒手。盖聂带着荆天明一路逃亡，途中竟然将秦始皇派出的三百铁骑打得落花流水，于是，丞相李斯出马，谣言蛊惑了盖聂的同门卫庄（孙艺洲 饰），希望借卫庄之手，除掉盖聂。　　一路上，盖聂和荆天明结识了项少羽（秦俊杰 饰）和高月（胡冰卿 饰）等反秦能人志士，一行人最终来到了墨家机关城，这是他们最后的堡垒。很快，卫庄就带着大批此刻杀了过来，他甚至找到了墨家的死敌公输仇，想要一举拿下机关城。面对敌人猛烈的袭击，盖聂等人能够获得最终的胜利吗？